یکی از چالش های مهم در امور اقتصاد و تجارت گیاهان دارویی عدم تثبیت قیمت ها بدلیل عدم وجود الگوی کشت و تناسب عرضه و تقاضاست به نحوی که گاها در حوزه بازار گیاهان دارویی با حجم وسیع تولید تعدادی از گونه ها و یا عدم وجود برخی از گونه های زراعی و تجاری مورد نیاز بازارها (سنتی، صنعتی و صادراتی) مواجه می شویم. مسئله دیگر عدم وجود برندینگ در حوزه صادرات گیاهان دارویی و خام فروشی است که متاسفانه گیاهان دارویی صادر شده از کشور بدون حداقل میزان فرآوری به کشورهای مختلف مثل ترکیه و …. صادر می گردد که این یکی از ضعف های مهم کار در این حوزه است.

مسئله بعدی عدم وجود فن آوری و استفاده از تکنولوژی و دانش روز بازاریابی و بازرگانی در حوزه تجارت داخلی و خارجی است به نحوی که عمده فعالیتهای تجاری داخلی و خارجی بصورت کاملا سنتی و ابتدایی انجام شده و این حوزه از تکنولوژی و …… (تبلیغات، فروش دیجیتال و ……) بی بهره است.