براساس مفاد بخش اول آيين‌نامه اجرايي قانون ثبت ارقام گياهي و كنترل و گواهي بذر و نهال، گواهي تأييد مطابقت كيفيت و سلامت بذر، نهال يا مواد رويشي قابل تكثير با استانداردهاي ملي توسط مؤسسه است و نیز رقم به گروهي از گياهان كه در پائين‌ترين رده شناخته شده گياه‌شناسي بوده و داراي يكنواختي كافي، پايداري صفات و متمايز از گروه‌هاي مشابه ديگر باشند. همچنین ثبت تأييد حق مالكيت معنوي و اعطاي امتياز انحصاري بهره‌برداري اقتصادي به اصلاح‌كننده رقم است و براساس مفاد ماده 3 قانون ثبت ارقام گياهي و كنترل و گواهي بذر و نهال درصورت جديد بودن ارقام گياهي جديد و يكنواختی ژنتيكي و ظاهري ارقام جديد گياهي و ثابت ماندن خصوصيات رقم در سال‌هاي توليد و تكثير بذر ارقام جديد گياهي ثبت مي‌شوند.

همچنین طبق تبصره 1 ماده 3 همین قانون ذخاير ژنتيك گياهي اصلاح نشده و وحشي به عنوان ذخاير ملي تلقي گرديده و ثبت آنها تحت نام بخش‌هاي غيردولتي مجاز نمي‌باشد. ثبت اين گونه ذخاير براساس تقاضاي دستگاه‌هاي دولتي تحت نام دولت جمهوري اسلامي ايران انجام خواهد شد. مفاد مـاده 2 آیین نامه ثبت ذخایر ژنتیکی گیاهی و ارقام بومی و محلی کشور نیز بیان می ­دارد که درخواسـت ثبـت ذخائر ژنتيکـي گیاهی و ارقـام بومي و محلی کشور فقط توسط بانک ژن گياهي ملي ايران انجام مي­ گيرد. ازاین رو و با استناد به مفاد این قانون و مقررات مربوطه، برای ثبت و تجاری­ سازی و تکثیر و تولید بذر گواهی شده گیاهان دارویی ضروری است ارقام جدید این گیاهان اصلاح و معرفی گردند تا ثبت و تجاری­ سازی و تکثیر و تولید تجاری بذور این گیاهان امکانپذیر گردد.

همچنین فرآیند گواهی این بذور مستلزم ایجاد استانداردهای بین­ المللی یا ملی آزمون استاندارد و استانداردهای ملی مزرعه و آزمایشگاهی گواهی بذور گیاهان دارویی است که استانداردهای بین المللی آزمون­های استاندارد گواهی بذور برخی از گیاهان دارویی بومی ایران وجود ندارد و تنها برای تعدادی از گیاهان داروئی مهم کشور استانداردهای ملی مزرعه و آزمایشگاهی گواهی بذر تدوین شده ­اند.

لذا، اصلاح و معرفی ارقام جدید گیاهان دارویی و نیز تدوین استانداردهای بین­ المللی آزمون­ های استاندارد گواهی و استانداردهای ملی مزرعه و آزمایشگاهی گواهی بذر برای بذور این گیاهان از مهم ترین چالش­ های رویاروی تولید بذر گواهی شده گیاهان دارویی در ایران محسوب می­ گردند.